司法体制改革既具有长期性、复杂性、艰巨性，又需要积极稳妥、扎实有效地推进。人民法院在司法改革试点和推进过程中，应立足实际，把握重点，统筹兼顾，正确处理好几个关系。
在改革方向上要把握原则性，正确处理坚持党的领导、依法接受人大监督和确保公正行使审判权的关系。习近平总书记指出：“深化司法体制改革，是要更好坚持党的领导、更好发挥我国司法制度的特色、更好促进社会公平正义。凡是符合这个方向、应该改又能够改的，就要坚决改;凡是不符合这个方向、不应该改的，就决不能改。”实践证明，党的领导是社会主义法治的根本保证，人民代表大会制度是我国的根本政治制度。司法体制改革作为政治体制改革的重要内容，坚持党的领导和人大监督，是我国司法体制的政治优势和重要特征，也是确保司法体制改革正确方向的政治保证和攻坚克难的重要保障。因此，深化司法体制改革，必须在党中央的领导下，坚持科学决策、民主决策、依法决策，实现党的领导、人民当家作主和依法治国的有机统一。深入推进司法体制改革，确保独立公正行使审判权，不是要削弱党的领导和人大监督，而是要在充分尊重司法规律，广泛借鉴人类一切司法文明和制度文明成果的基础上，进一步完善我们的司法体制机制，使中国特色社会主义司法制度的优越性得到最大限度的发挥和体现。所以，中央明确法检两院人财物省级统管后，市县两级法院、检察院的组织关系保持不变，市、县两级法院、检察院正职仍担任同级党委政法委委员。改革中，坚持“四变四不变”：人事管理体制变，党组织关系不变;司法管理体制变，党委政法委领导统筹政法工作不变;司法责任制变，司法机关维护地方稳定、服务一方百姓的职责不变，司法权力运行机制变，中基层法院接受同级人大监督并报告工作的机制不变，坚持做到要始终坚持党的领导，依法接受人大监督，确保公正行使好审判权。
在内外联动上要注重配套性，正确处理以审判为中心与优化司法职权配置的关系。四中全会明确了我国诉讼制度改革以审判为中心。按照我国刑事、民事、行政诉讼法的设计要求，这一改革决定了整个诉讼制度要围绕审判程序来构建，整个诉讼活动要围绕审判程序来开展，最大限度地释放审判功能。特别是在刑事诉讼活动中，这一决定改变了“以侦查为中心”，把刑事诉讼构造从“流水线结构”拉回到“正三角结构”，形成侦查是为审判进行准备的活动，起诉是开启审判程序的活动，执行是落实审判结果的活动，三者都要服务和服从“以审判为中心”。而要实现“以审判为中心”，必须优化司法职权配置，健全公安、检察、审判、司法行政“四个机关”各司其职和侦查、检察、审判、执行“四权”相互配合、相互制约的体制机制。一是抓好司法体制改革试点。试点审判权运行机制改革，规范好上下级法院审判监督的关系，理顺好审判委员会、主审法官和合议庭办案责任制的关系，理顺好审判权、审判管理权和审判监督权的关系，使三者互为作用、互相制约。二是充分发挥庭审的决定性作用。严格落实法庭调查、法庭辩论、法庭宣判三个重要环节，坚持严格依法收集、固定、保存、审查、运用证据，推进庭审实质化，真正实现事实证据调查在法庭、定罪量刑辩论在法庭、裁判结果形成在法庭，加强对侦查权的监督和对辩护权的保护，确保侦查、起诉的案件事实证据经得起法律的检验。三是落实“直接言词原则”。让相关人员站在法庭上直接说话，法庭直接听取证人口头证言，直接听取被告人的口头供述，直接听取被害人的口头陈述或鉴定意见，侦查机关已有鉴定意见且存在争议的，鉴定人员要出庭陈述理由。四是认真落实好中央《领导干部干预司法活动、插手具体案件处理的记录、通报和责任追究规定》。各级领导和司法机关要形成落实的合力，依法改进党对司法工作的领导，营造司法机关依法独立公正行使职权的社会条件和氛围，杜绝司法活动中的权力寻租和司法腐败。
在上下协同上要坚持有序性，正确处理顶层设计、政策推动与基层探索的关系。目前，经中央批准，全国第一、二批共有18个省市区正在深入推进司法体制改革试点。但随着改革不断深入，各项改革措施的关联性、互动性明显增强，必须在设计思路上和推进方向上要通盘考虑、配套推进、上下协同，正确处理顶层设计、政策推动与基层探索能动有效的关系。注意做好“三个结合”：坚持顶层设计与发挥基层首创精神相结合;坚持深化司法改革与巩固现有成果相结合;坚持有理想和接地气相结合。
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