何况中央主管干部难免会找自己熟悉和用起来顺手的干部来负责手下的部门，结果，在新成立的政务院部委，包括组织部和财经委员会等机构的负责人当中，除了李维汉、谢觉哉、滕代远、李富春、王诤等少数人因长期在中央工作，或文化程度相对较好，或过去就有相当的专业工作经历，故得以分任中央统战部、内政部、铁道部、重工业部、邮电部的部长、副部长外，其他多数部委的负责干部都选用了非军队系统的干部，且多用的是白区干部。这种情况不可避免地引起了相当一批军队干部和苏区干部的不满。
在这种情况下，作为白区正确路线代表的刘少奇，大力提携重用经他营救出狱并曾长期在他手下工作的一些干部，如彭真、薄一波、安子文、刘澜涛、廖鲁言、胡锡奎等人，自然就成了众矢之的。有“谭大炮”之称的谭震林就曾直截了当地向毛泽东表示过对这种情况的强烈不满。林彪也在背后有所谓“现在白区党控制着中央的权力，很危险”的说法。不难了解，“高饶事件”的发生，正是这样一种背景下促成的。
毛泽东作为苏区正确路线的代表，自然也不能不受到此种情绪的影响。他在高岗到京后的言谈话语间所透露出来的对刘少奇的不满，在相当程度上就反映出他这时也并非不受影响。但作为党的最高领导人，他不能不公开表现出中立的态度。在接见各大区负责人时，他一方面告诉大家：“谭震林对我说，中央有两个司令部，白区党的人掌握着党权(组织、人事部门)、政权(政法部门)和财权(财经部门);另一个是以我为首的司令部，大权旁落，这很危险，应该把权夺回来。”一方面解释说：“这种说法是错误的，我已经批评了谭震林，不能说什么‘白区党’、‘苏区党’。只有一个中国共产党，一个司令部，就是党中央。”而事实上，从他这时采取各种措施分散政府部门的权力，强化党中央的核心领导地位，接连发布《关于加强人民政府系统各部门向中央请示报告制度及加强对政府工作领导的决定》等文件，规定政府各部门党组直接受中共中央领导，以及通过财经会议及组织会议批评薄一波及安子文等等的做法，都可以清楚地看出他并非对此毫无戒心与防范。当然，他这时尚不认为事情已经到了谭震林、林彪等人所说的那种地步。
战争条件下被无限放大的敌情意识，建国初期在各地反映出来的针对地下党及本地干部缺乏信任的态度，严格说来应当是解放军大举渡江南下之后才突显出来的。
据身为南京地下党干部的穆广仁回忆，1949年5月，南京刚刚占领不久，新成立的南京市委就得到了关于南京地下党组织严重不纯的情报。据此，南京市委上报中共华东局，一方面提出应马上进行组织整顿，一方面请示对这些在解放南京过程中起过重要作用，同时政治背景又极为复杂的南京地下党干部应如何安排适当工作。中共华东局不能自作主张，故经曾作过中央社会部部长的第二副书记康生上报中共中央。中共中央随即下达指示，除同意马上进行整党以外，并提出具体办法为：“降级安排，控制使用，就地消化，逐步淘汰。”
由于南下干部对地下党人员不习惯、不信任，南京地下党人员亦发生对南下干部“不满不受领导等等”情况。针对这种情况，二野政委邓小平于9月17日在南京市党的支部书记和排以上党员大会上专门做了题为《忠诚与老实》的报告，一方面动员整党，一方面对地下党人员加强教育和引导。
各新区整党开始后，大批地下党组织被解散，党员被停止党籍。南京100多名地下党员受到“停止党籍”的处分。地下党出身的团市委的书记、副书记均被撤换、调离。
广东随后所以会发生“反地方主义”的斗争，说起来也是由广东党组织“严重不纯”这一理由所引发的。外来干部和本地干部在出身、学历等方面的差距以及语言习俗的隔阂，明显地使身为解放者的外来干部和大军干部对广东主要依靠本地干部的做法十分不满。土改运动中出现的一些现象进一步印证了外来干部对本地干部队伍素质的看法。这种问题不可避免地直接触动了中南局，特别是中共中央的政治神经。结果，广东的问题就被认定为：“广东党内有相当一大批坏分子(其中包括贪污腐化分子、阶级异己分子、恶霸分子和与敌人始终保持联系的内奸分子)占据着重要工作岗位。因此，广东党的现状，不仅是基层组织有问题，而且地专一级、县一级、区一级均有问题，尤以县、区两级问题最为严重。”就连“广东现有的几万个土改队员，(也)大半为县委、区委经封建关系拉入的，其中亦有大批坏分子”。
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