他尝试将警察从白人至上的统治工具转变为一支有效的打击犯罪的队伍，但只取得了有限的成功。(多数统治前就已存在的)腐败与任人唯亲更加猖獗。尽管曼德拉受到全世界的景仰，外国投资却对南非保持了距离，尤其是20世纪90年代末的全球经济过热让新兴市场看起来比以前想象的更为危险之后。
种族隔阂被和平过渡的欣喜与曼德拉的道义权威一时控制住了，但后来随着缩小收入差距的最终问题未能得到解决，在一定程度上重新表现出来。
南非记者马克·葛维瑟(Mark Gevisser)在2007年发表的曼德拉继任者塔博·姆贝基总统的传记中写道，“曼德拉1994年至1999年总统任期内留给后人的最重要的政治遗产，是建立了一个由神圣不可侵犯的权利法案保护的法治国家，而且人们早先预言的、南非的种族与民族暴力冲突没有发生。仅这些成就本身就保证了曼德拉的神圣地位。然而，他更多地是一个解放者和国家缔造者，而不是一个管理者。”
此外，曼德拉还给他的国家留下一个基本上是一党执政的体系，执政者对官员腐败的指控抱着官官相护的态度，不喜欢媒体的批评，把反对党派差不多当叛国者对待。不管是自由派的还是保守派的对手，都没有能够成功地组织起能有效抗衡非国大的反对派。
曼德拉本人总是遵从党的意愿，比如在继任总统人选上。在党的得意人选姆贝基继任总统后，曼德拉透露说他其实更喜欢比较年轻的拉马弗萨，即前矿工工会领导人、新宪法的谈判者。姆贝基知道自己不是意中人，因此心怀怨恨，在担任总统期间，经常对曼德拉有微词。
曼德拉大部分时候避免直接批评他的继任，但是当姆贝基表现出对批评不宽容以及他的阴谋论世界观时，曼德拉的失望溢于言表。当姆贝基质疑艾滋病病因的主流医学解释、压制有助于遏制传染病快速蔓延的公共讨论时，曼德拉公开发表言论，指出安全性行为与便宜药物的必要。当他的大儿子马克贾托(Makgatho)2005年去世时，曼德拉把家庭成员召集到一起，公开透露他的死因是艾滋病。
在2007年的一次访谈中，曼德拉公开嘲讽姆贝基的领导能力，不过当时他要求这些话在他死前不发表。他说，非国大之所以是一个成功的运动和成功的政党，归因于它从许多不同的群体中汲取集体智慧。
“如今在姆贝基的领导下，非国大变得相当集权化，他自行决策很多事情”，曼德拉宣称，“我们从来都不喜欢那样。”
姆贝基则觉得，在曼德拉的阴影下治理国家是极大的痛苦。他感到他的前任留给了他一手几乎无法打的牌，首先曼德拉鼓励人们相信南非的解放是一位伟大黑人的魔术，其次他强调与白人当权者的和解，因此没做多少事去解救贫困的黑人多数人口。
在葛维瑟传记里的一次访谈中，姆贝基嘲笑曼德拉靠魅力和声望统治，说他很少留意治国的技术细节。
“马迪巴(Madiba)对政府事务一点都不关心，”姆贝基说道，“我们其他人则必须去关心，因为总得有人去关心。”(马迪巴是曼德拉的家族昵称。)
作为一位前总统，曼德拉利用自己的魅力，支持非洲大陆的一系列事业，在几场战争中参与和谈，协助他的妻子格拉萨为儿童救助组织募捐。
2010年，体育世界的另一桩和平盛事世界杯足球赛在南非举行，曼德拉为南非赢得主办权立下了巨大功劳。但对曼德拉本人来说，这个令人自豪的盛事带给了他心碎的哀伤，他13岁的孙女岑娜妮(Zenani)开幕日当天从庆祝音乐会回家的路上死于车祸。世界杯赛首次来到非洲，曼德拉功不可没，但他却取消了出席开幕式的计划。
那时他的听力与记忆力已十分糟糕，他已经基本上退出公众辩论，回绝几乎所有的访谈请求，在诸如伊拉克战争等问题上只发表预先准备好的公开声明。(他强烈反对伊拉克战争。)
2007年他接受一位记者的采访时，他的助手们已经就他的后事展开了激烈的争夺战，包括他将被安葬在哪里，以及应该如何举办纪念活动等。曼德拉坚持把他的安葬事宜交给他的遗孀，而且尽量从简。但他的追随者却另有打算。
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