显然，由政府工作人员入户以“实名制”的方式调查公民个人对基督教的态度，不可能得到被调查者的真诚配合。这是此次调查的一个明显的“硬伤”。
3.调查操作的技术因素
除了调查者与被调查者的利益考虑之外，调查方法本身也对调查结果的可信度有着直接的影响。要调查全国基督教徒的人数，在调查方法上，最可靠的方法是对全国的人口按人口普查的标准实施宗教信仰问题的调查，但这样做耗时耗力、成本极高，不现实。因此，此次调查，国家宗教局和社科院宗教所采用了随机抽样调查的方法。但抽样调查有一个宗教人口的分布不均的问题。中国基督教徒的传播与分布不同于人口中其他因素(如性别、年龄、出生率、教育程度等)，不是一种常态分布。例如，河南、江苏、山东、安徽、浙江等地的基督教徒比例，要比其他地区高的多。如果实行随机抽样，抽样太多会导致成本过高无法实施，抽样太少又会产生严重的地区误差，无法克服基督教分布不均的问题。此次调查根据45000个样本，就推算出基督教在全国13亿总人口中的比例与具体人数，计算依据何在，误差率是多少，《2010年宗教蓝皮书》没有详细的说明。
其次，在问卷设计上，以实名制的方式直截了当的提问被调查者的宗教信仰，是否会因为可能给被调查者造成顾虑而降低数据的可靠性?如果问卷中的提问是间接地、隐晦的，不会让被调查者产生顾虑，又如何保证被调查者能够正确理解问题而不会误解问题?无论采取哪种方式，都会因被调查者的顾虑或误解产生误差，这种因心理或理解因素造成的误差能否测量，几率多少，如何避免、如何计算，未见《2010年宗教蓝皮书》有令人信服的说明。
再次，在调查的实际运作上，设计方案的是社科院宗教所和国家宗教局，实施方案的是国家统计局，方案设计者不懂统计，方案实施者不懂宗教，同时，国家宗教局又是与宗教事务有着直接利害关系的利益攸关者。在经费上，政府职能部门出钱委托某个机构“打工”，这个机构就必须接受政府职能部门的指导，体现政府职能部门的意志，维护该部门的利益。宗教局、宗教所、国统局三家都是受国家财政支持的国家机关或国家全额拨款的中央事业单位，三家在经济上的来源是一致的。如果没有与宗教问题无利害关系、与政府、宗教团体均无联系的第三方的介入与监督，如何保证调查方案设计者、实施者的工作质量?如何保证调查过程与调查结果的客观、公正?如何避免因自己调查自己主管领域内的问题而产生的弊端，《2010年宗教蓝皮书》也没有说明。
调查者也许考虑到了调查结果在公众面前的可信度问题，于是《2010年宗教蓝皮书》在调查报告中，就其实施方案详细地进行了说明，试图给读者一个印象，此次调查是非常“科学”的。
然而，一项有关基督教人数的调查，如果不考虑调查者与被调查者双方因素的影响，仅根据其方案设计“科学”，实施方法“科学”，计算论证“科学”，就认为其结论必然也是“科学”的，这种逻辑其实恰恰很不科学。因为影响调查结论可信度的大前提(调查客观性的保证)如果存在问题，后面的工作无论多么“科学”，也没有意义，现实中并不缺少这样的例子。
1958年，钱学森依据光照与植物光合作用的关系，在报刊上撰文对“亩产万斤粮”[17]的可能性做了十分肯定的论证。以至于毛泽东后来说，他正是看了钱学森的文章，才相信了“亩产万斤粮”的可能性。钱学森是一个伟大的科学家，从物理学光学理论上看，钱的论证非常“科学”，甚至相当“保守”，但其结论却严重违背事实，不符合农民的常识。历史证明，钱学森对“亩产万斤粮”的论证不过是为极端弄虚作假之人的政治目的服务的“科学”依据，是一个天大的“科学”笑柄。
对于一项涉及千百万人的大规模社会调查，如果仅凭科学的设计、专业的实施机构，加上专家，而不考虑影响调查的其他关键因素，并不一定必然得出科学可信的结论。现在社会上许多人质疑《2010年宗教蓝皮书》报告的基督教人数，持这种质疑观点的人没有经过调查，没有数据，相互之间也没有“统一口径”，但为什么他们还要这样认为?因为他们根据自己的生活经验和对身边事物的实际了解，得出了“基督教发展快”、“家庭教会人数多”这个结论。这个认识不是科学，而是人们默认的常识。我们相信科学，希望科学胜过人们的常识。但要说中国的基督教徒有2305万人，这到底是一个科学的结论，还是一个科学的笑话，科学能否胜过常识，在新的、与政教双方利害均无关联的、能够保证客观公正的调查结果出台之前，我们只能等待历史的检验。
最后，需要指出的是，《2010年宗教蓝皮书》公布的中国基督教人数，虽然不能作为科学意义上的数据，但从政治上和社会影响上看，是有一定意义的，这个意义就在于，现时中国到底有多少基督教徒并不重要，重要的是官方认可的基督教人数至少不低于2305万，未来中国基督教的人数只会比这个数字高，而不会比这个数字低。
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